Скотоводство, как и земледелие, зависело от множества неблагоприятных факторов, влияющих на численность поголовья крупного рогатого и мелкого рогатого скота, лошадей и в северных округах ‑ оленей. Такими факторами являются жаркое засушливое лето, когда крестьянин не мог заготовить достаточно количества кормов на зиму (1906, 1908−1909, 1911 и 1912 гг.) и почти ежегодные эпизоотии.
В 1885—1886 гг. от чумы пало 84 536 голов крупного рогатого скота. В 1886—1887 гг. сибирская язва уничтожила 21 204 лошади. В 1909 г. в Тобольской губернии из-за болезней было забито 179,7 тыс. голов скота, в 1910 г. — 227. В 1911 г. поголовье скота уменьшилось на огромную цифру 815 002 головы, что составило 26% от общего количества животных в 1910 г. В Курганском уезде убыль скота достигла 42,6%, в Ишимском — 34,9%, в Ялуторовском — 39,6%.
В начале ХХ в. количество домашних животных росло за счет прироста скота у старожилов и в результате пригона его новоселами. Это помогло возместить потери в скотоводстве, понесенные в 1911 г., но даже в 1913 г. поголовье скота на 30,5% было меньше, чем в 1910 г. Для сравнения: в 1910 г. на одно самостоятельное хозяйство губернии в среднем приходилось 11,8 голов скота, в 1911 г. — 7,5; в 1913 г. — 8,2.
Страшными бичами сибирского скотоводства являлась чума и сибирская язва, почти ежегодно свирепствовавшая здесь. Особенно сильному их распространению, кроме плохого питания скота, способствовало полное отсутствие санитарных предосторожностей. Кожи павших от эпизоотий животных снимались и шли в продажу, далеко разнося заразу. Трупы павших животных оставляли в поле или зарывали вблизи источников питьевой воды. Приглашенные для лечения знахари обычно собирали и здоровый, и больной скот в один табун для производства над ним своих лекарственных приемов. Заболевшее животное неохотно отделялось от здоровых. Ни в одной деревне не находилось такой телеги, на которой можно было вывезти трупы и нечистоты из-под них не заражая жидкостями дороги. Невежество населения и его недоверие к ветеринарному надзору поддерживались разными коновалами и знахарями.