Родился 13 марта 1924 года в селе Дежнёво, Ленинского района Еврейской автономной области в бедной крестьянской семье.
С юных лет Н. С. Лопатин вместе с родителями трудился в сельском хозяйстве в поле. После окончания четырёх классов до 16 лет трудился плужником в колхозе, затем окончил школу механизации и получил профессию — токаря.
В 1941 году, когда началась Великая Отечественная война, Н. С. Лопатин как специалист был оставлен работать в колхозе. В 1942 году окончил одногодичные курсы при школе механизации.
С февраля 1942 года в рядах Красной Армии. Участник Великой Отечественной войны — рядовой, автослесарь ремонтного взвода 544-го миномётного полка 162-й стрелковой дивизии РГК, а затем — шофёр 4-й батареи 2027-го гаубичного артиллерийского полка. За период войны был награждён орденом Красной Звезды и двумя Медалями «За отвагу».
С 1947 года после демобилизации из рядов Советской армии, приехал в Голышмановский район Тюменской области, где стал работать — комбайнёром Голышмановской машинно-тракторной станции.
В 1951 году намолотил комбайном «Сталинец-6» с убранной площади за 35 рабочих дней — 8768 центнеров зерновых культур.
21 июня 1952 года Указом Президиума Верховного Совета СССР «за достижение высоких показателей на уборке и обмолоте зерновых культур в 1951 году» Нестер Степанович Лопатин был удостоен звания Героя Социалистического Труда с вручением Ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».
Во время жатвы в 1952 году убрал четыре сезонные нормы хлеба, за что был премирован легковым автомобилем «Победа». После упразднения Голышмановской машинно-тракторной станции, работал в Голышмановском районном объединении «Сельхозтехника». Освоил не одну специальность — был шофёром, токарем, молотобойцем и кузнецом. Каждую осень выезжал на комбайне убирать хлеба на полях.
Нестер Лопатин старался поддерживать планку передовика и в последующие годы. В архиве редакции сохранился выпуск районной газеты «Знамя труда» от 1960 года, где он делится своими успехами:
«Убирать хлеб на Винокуровском производственном участке колхоза „Колос“ я приступил намного позднее, чем мои коллеги по штурвалу. Но уборку окончил раньше других. Всем известно, что уборка в этом году проходит в исключительно трудных условиях, часто шли дожди. Много хлеба было полеглого. Иногда не хватало транспорта для отвозки зерна от комбайна, однако мой агрегат работал беспрерывно, выполнял по три нормы в день. В последнее время, когда установилась хорошая погода, подбираю по сорок пять гектаров. Успех в работе обеспечивает ежедневный технический уход за комбайном. Работаю с раннего утра и до поздней ночи, так как сейчас дорога каждая минута».
Трагически погиб 10 июня 1973 года, попав в аварию на своей премиальной машине «Победа» по дороге в деревню Шулындино Голышмановского района. Память именитого земляка голышмановцы чтят до сих пор. В августе 2022-го окружная дума приняла решение присвоить имя Нестера Лопатина новой улице в северо-восточной части посёлка Голышманово. А над захоронением единственного в округе Героя Социалистического Труда шефствуют члены местной общественной организации «Союз военных моряков».