Противостояние старой и новой власти усилилось после восстания чехословацкого корпуса, которое вспыхнуло 25 мая 1918 г. Хорошо организованные и вооруженные войска корпуса свергли советскую власть вдоль Транссибирской железной дороги. Без боя сдался Томск. 15 июня пал Барнаул. После взятия Омска чехословаки двинулись на Ишим и Тобольск.

В ночь на 19 июня 1918 г. чехи и белые во главе с капитаном Николаем Николаевичем Казагранди высадились на берегу Иртыша и взяли Тобольск. 20 июня белые взяли Тюмень.

30 июня 1918 г. в Омске было создано Временное Сибирское правительство во главе с Петром Васильевичем Вологодским. Омск стал белой столицей России, в противовес Москве.

В ночь на 17 июля 1918 г. в Екатеринбурге расстреляла царская семья. Вместе с ними казнены слуги и приближенные. Всего в подвале дома инженера Ипатьева расстреляно 11 человек.

Положение Временного Сибирского правительство осенью 1918 г. сильно осложнилось в связи с неудачами на фронте. В этих условиях эсеры Урала и Сибири создали коалиционное правительство — Директорию под председательством Н. Д. Авксентьева. В крае нарастали анархия и хаос.

В ночь на 18 ноября 1918 г. адмирал А. В. Колчак арестовал членов Директории и объявил себя Верховным правителем России. Колчак запретил профсоюзы и левые партии, ограничил полномочия органов местного самоуправления. Горожане были недовольны ростом цен, дефицитом продуктов, а в армии Колчака началось падение дисциплины и массовое дезертирство, особенно, среди крестьян, мобилизованных насильно.

Летом 1919 г. на фронте обозначился явный перелом в пользу Красной армии. Уже 3 сентября 1919 г. белые прекратили оборону Тобольска и отступили к Увату и Демьянке. Однако Колчак приказал отбить Тобольск назад. В бой были брошены резервы белых, 27 сентября 1919 г. белые взяли Тобольск.

11 октября 1919 г. в Тобольске побывал сам Верховный правитель А. В. Колчак. Он провел заседание по вопросу вывоза из Тобольска церковных ценностей и отделения государственного банка. Через неделю началось отступление белых из Тобольска на север и восток. В Ишиме белым закрепиться не удалось. 22 октября 1919 г. красные взяли Тобольск, 31 октября — Петропавловск, 4 ноября — Ишим.

На Тобольском Севере против белых развернулось партизанское движение. В партизанских отрядах были в основном крестьяне, дезертировавшие из Сибирской армии. 17−18 ноября было взяло село Самарово. К этому времени многие отряды партизан насчитывали до 250 человек.

13 ноября 1919 г. пять поездов А. В. Колчака с его штабом и золотым запасом (28 вагонов с золотом) отбыли из Омска в Новониколаевск. 14 ноября 1919 г. 27-я стрелковая дивизия красных вышла на окраину Омска.

После сдачи Омска остатки белых медленно отступали в сторону Новониколаевска. Сам Колчак бежал в Иркутск, но попал к белочехам, которые выдали его красным.

14 декабря 1919 г. Красная армия взяла Новониколаевск. 20 декабря 1919 г. красные взяли Томск.

7 февраля 1920 г. в 5-м часу утра Колчак и министр Временного правительства Виктор Николаевич Пепеляев были настреляны на льду Ангары недалеко от устья речки Ушаковки. Расстрелом руководил председатель губчека Самуил Чудновский, расстрельной командой — Иван Бурсак (настоящее имя — Борис Яковлевич Блатлиндер).

Бои частей Красной армии с отдельным отрядами белых продолжались на Севере Тобольской губернии до марта 1920 года. В ходе этих боев белые были окончательно разгромлены. 

7 (20) декабря 1917 г. Советом народных комиссаров была создана ВЧК (Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем). Сокращенно именовалась ЧК, отсюда происходит слово «чекист». В структуре ВЧК были свои отделы и комитеты, например, по борьбе с контрабандой, беспризорностью, отдел контрразведки и др.

ВЧК имела огромные полномочия, в том числе, расстреливать на месте без суда и следствия. Согласно английскому историку и писателю Роберту Конвесту, автору книги «Большой террор» (1968) с 1917 по 1922 гг. ВЧК было расстреляно около 140 тыс. человек.

Первоначало ВЧК размещалась в Петрограде на Гороховой улице, дом 2. В марте 1918 г. ВЧК была переведена в Москву. В 1919 г. ВЧК заняла здание бывшего страхового общества «Россия» на Лубянской площади («Лубянка»). Возглавил ВЧК соратник Ленина Феликс Эдмундович Дзержинский («железный Феликс»).

Главой уездной (окружной) полиции являлся исправник, который назначался губернатором с утверждением Министерства внутренних дел. Исправник был наделен широкими полномочиями, далеко выходящими за пределы общественной безопасности, защиты жизни, здоровья и имущества граждан. Окружной исправник заведовал полицейскими служащими, решал кадровые вопросы. В его воле было назначение на службу, перемещение, награждение и наказание, увольнение. Исправник следил за выполнением приказов, положений, циркуляров и инструкций. Выполнял следственно-разыскные функции, в том числе сыск и дознание, наблюдение и агентурная сеть, надзор за ссыльными.

Во второй половине XIX в. была введена должность помощника (заместителя) окружного исправника. Помощник назначался и увольнялся со службы в том же порядке, что и глава окружной полиции. В обязанности помощника входило делопроизводство, а также он заменял исправника в случае его отсутствия по болезни, отпуска или ухода на пенсию.

Окружному исправнику подчинялись становые приставы. Несколько волостей объединяли в станы.

9 июня 1878 г. была введена должность полицейских урядников — самая низшая должность окружной полиции. Полицейские урядники подчинялись становым приставам. Они обязаны были находится на участниках, к которым прикреплялись. В обязанность полицейских урядников входило следить за общественным порядком. Урядники обязаны следить выполнением призыва на военную службу. Кроме того, на полицейского урядника накладывались особые обязательства. Например, по Уставу лесному не допускать самовольной порубки и кражи леса. По Уставу питейному следить за правилами торговли вином.